Bei einer Vaginose ist das natürliche Gleichgewicht von Bakterien in der Scheide gestört.  Bestimmte Bakterien nehmen überhand und verdrängen andere Bakterien, die für die Gesundheit der Scheide hilfreich sind. Es kommt zu einer Reizung beziehungsweise Entzündung der Scheidenwände.

Frauen mit einer Vaginose haben ein höheres Risiko, sich mit HIV zu infizieren, da die Entzündung in der Scheide dem Virus das Eindringen in den Körper erleichtert.